FM Towns: Free Software Collection 4

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Text File | 1991-10-18 | 29KB | 678 lines

┌────────────────────────────────┐ │ ☆ メモリ２Ｍ以上必須 ★ │ │ │ │ 計算機化学入門シリーズ │ │　　　　第１章　　分子力学計算入門編 │ │ │ │　　　　　　　『ＣＨＥＭ　ＴＯＷＮＳ』 │ │ │ │ CHEMT387.EXP (CHEM TOWNS Ver. 1.05H) << FPU 必須 >> │ │ CHEMT386.EXP (CHEM TOWNS Ver. 1.05G) │ │ Copyright (C) 1990, 91 │ │ Butch Software Inc. │ └────────────────────────────────┘ ------------------------------------------------------------------ このプログラムは､複雑な計算をおこなっていますので､ 387 数値演算プロセッサーを積んでいない人が､グラフィックが遅いとイライラされても､当方は一切関知しないので､そのつもりで！！｡また､数値演算プロセッサーを積んでいない方は､分子力学計算に多大の時間がかかりますので､適当な時点で中止されることをお勧め致します｡数値演算プロセッサーを積んでいる方は､ CHEMT387.EXP を使用すれば､優越感に浸ることができます｡ ------------------------------------------------------------------ 本 CHEM TOWNS は､化学用分子組立､表示､構造最適化ソフトです。 Mac II で動く Chem 3D plus を参考にしましたが TOWNS の機能を活かすように作成しました。 High C 版では､行末が \0A だけのファイルは読み込めませんので､ EWS などからのファイルを扱う時は \0D\0A に変更してご利用下さい｡ 1.【プログラム構成】 CHEMT386.EXP FPU(387) 無し用プログラム本体 (gcc 1.39 で作成しました｡) CHEMT387.EXP FPU(387) 有り専用プログラム本体 (High C で作成しました｡) ENV.DAT 空間充填表示のパラメータファイル MM2ATM.DAT 分子組立用原子データファイル MM2BOND.DAT 分子組立用結合データファイル MM2(分子力学計算)を知らない人は､ MM2ATM.DAT､及び MM2BOND.DAT を書き換えないでください。書き換えるのは､色と原子半径と結合距離くらいにしておかないと､とんでもない分子が組み立てられることもあり､全く組み立てられないこともあります。これらのファイルから読み込む桁数､及び行数は固定になっておりますのでご注意下さい｡これらのファイルは全て同じディレクトリに置いてください。 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 2.【起動の方法】 CHEMT386.EXP(または､ CHEMT387.EXP)を T-MENU からダブルクリックして起動してください｡ .INPファイルをパラメータに指定することもできますが､拡張子は付けない｡ 3.【デフォルトの表題及び保存ファイル名】パラメータなしで起動すると､ CHEM TOWNS 用に保存する(後述)場合のデフォルトのファイル名が BUTCH.7 (結合表) と BUTCH.70 (座標､原子タイプ表)で、MM2 用に保存する場合のデフォルトのファイル名が INPUT.INP で､表題が "BUTCH" になります｡ 4.【分子の組み立て】 4.1【原子の追加】化学を知らない人には､はっきり言って困難です｡まず､ウィンドウの右上のトンカチアイコンから､ [原子選択]を選び､希望の原子並びに原子タイプを選びます。起動時のデフォルトは､ SP3 炭素のアルカンです。選択した原子の名前は､ウィンドウの下に表示されています。次に､トンカチアイコンから[原子置換]を選ぶと､一番最初は､すぐにその原子がウィンドウ内に表示されます｡更に､結合を作りたければ､ "組立マウスアイコン" で､結合を作りたい方向の水素(黄色の丸)を左クリックします。原子のタイプを換えたい時は､右クリックで通常の "矢印マウスアイコン" にして､ [原子選択]で目的の原子を選び直して､ [原子置換]で"組立マウスアイコン"にして､また結合したい方向の水素(黄色の丸)を左クリックで選んでいきます。 MM2 で計算できる分子を組み立てることを目的としていますので､ MM2 でパラメータが無い結合(例えば､結合距離が未定義なもの）は組み立てられません。したがって､ "結合距離が未定義です" のメッセージがでた場合は､他の原子に置き換えて組み立ててください｡途中で分子が見にくくなったら､右クリックで一旦終了し､ "矢印マウスアイコン"にして､軸回転(後述)等で分子を回転させるか､ｚ値反転(後述)で分子をひっくり返して､分子を見やすくしてから引き続き分子を組み立ててください｡ (注) 現在､最大原子数は 100 個になっています｡これを越えると動作異常となりますのでご注意願います｡ 4.2【原子の削除】 "矢印マウスアイコン"でトンカチアイコンから[原子削除]を選ぶと､ "削除マウスアイコン"に変わるので､削除したい原子(炭素なら青色の丸､酸素なら赤色の丸｡水素はダメ)を左クリックで選びます｡この場合､端の方からしか削除できません(分子が泣き別れになるためです)｡また､ "原子置換を利用して下さい" のメッセージがでた場合は､ [原子選択]で水素原子を選び[原子置換] で水素に置き換えてください｡終了は､右クリックで､通常の"矢印マウスアイコン"に戻ります。 4.3【環形成の方法】 "矢印マウスアイコン"でトンカチアイコンから[環形成]を選ぶと､ "環形成マウスアイコン"に変わるので､環を形成したい2つの原子(炭素なら青色の丸､酸素なら赤色の丸｡水素はダメ)を左クリックで選びます｡単に2つの原子の間を繋ぐだけですので､ 2つの原子をできるだけ近づけて置かないと､とんでもない環が出来上がります。また､ 2つの原子に付いた水素の結合方向をお互いの方向へ向けておかないと､環結合が形成されない("環形成が困難です" のメッセージが表示される)か､または､とんでもない配座になってしまいます。これらを回避するには､結合回転(後述)に熟練する必要があります。ただし､後述の構造最適化計算をさせれば､とんでもない形をしていても､ほとんどの場合には計算により修正されますので､気にしない人は､それで結構。中止は､右クリックで､通常の"矢印マウスアイコン"に戻ります。 4.4【環切断の方法】 "矢印マウスアイコン"でトンカチアイコンから[環切断]を選ぶと､ "環切断マウスアイコン"に変わるので､環を切断したい2つの原子(炭素なら青色の丸､酸素なら赤色の丸｡水素はダメ)を左クリックで選びます｡単に2つの原子の結合を切断し､水素原子を置くだけですので､環切断後は水素の位置が不自然な場合があります｡この場合は､不自然な原子を削除して組み直すか､最適化すれば修正されます｡中止は､右クリックで､通常の"矢印マウスアイコン"に戻ります。 4.5【ｚ値反転表示】 "矢印マウスアイコン"でトンカチアイコンから[ｚ値反転]を選ぶと､ z 座標の符号が反転した化合物が表示される｡裏側に隠れている原子が前に表示されるので､奥にある原子に対して置換や削除をしたい時に便利である｡表示される分子は､反転前の分子の鏡像体になる｡ 5.【分子の回転】 5.1【軸による回転】望みの軸(x, y, z 軸)での回転は､回転角度と回転の回数を決定した後､軸回転のボタン(緑色)を左クリックすれば､連続で回転していきます。マウスの右ボタンを押し続ければ､回転の途中でも止められます。回転の角度は､数字の上(1の桁､10の桁）を左クリックすれば1づつ増加します｡右クリックでは1づつ減少していきます。符号はクリックで反転します｡従って､ -99 から +99 の範囲が選べます。回転の回数も同じ操作ですが､最低は 1､最高は 99 です。 5.2【軸による自由回転】望みの軸(x, y, z 軸)での自由回転は､軸回転の軸名ボタン(黄色)を左クリックし続けると､ x 及び z 軸の場合はウィンドウ右､ y 軸の場合はウィンドウ上に黄色のカーソルが出ますので､回転させたい方角へマウスを移動していくと移動距離に合わせて分子が回転いたします｡カ－ソル内に表示されている緑色のボックスが回転の程度を示しています｡回転は -180 度～ 180 度の範囲です｡マウスを開放すると確定いたします｡また､中止したい場合は､マウスの左右のボタンを押してください｡最初の状態にもどります｡ 5.3【複合回転】これは､ x, y, z 軸すべての軸での複合回転です。 x, y, z 軸回転の欄で指定された回転角度の値で､各軸で連続回転していきます｡回転回数は複合回転のボタンの横の欄で指定した回数です。マウスの右ボタンを押し続ければ､回転の途中でも止められます。 5.4【複合自由回転】 [複合回転]ボタンの｢複｣を押すと x, y 軸での複合自由回転が可能です。マウスを左右へ移動させると移動距離に応じた y 軸での回転が､マウスを上下に移動させると移動距離に応じた x 軸での回転ができます｡回転は -180 度～180度の範囲です｡あまり多用すると船酔い(^_^)いたしますのでご注意ください｡マウスを開放すると確定いたします｡また､中止したい場合は､マウスの左右のボタンを押してください｡最初の状態にもどります｡ 5.5【32K 色空間充填表示での回転】望みの軸(x, y, z 軸)で回転角度と回転の回数を決定した後､各軸回転ボタンの右下にある青色のボックスを左クリックすれば､ 320 x 240 ドット 32 K 色の空間充填モデル表示で連続回転していきます。表示面積が小さい程早く回転しますので､短気な方は分子を小さくしてご覧ください｡マウスの右ボタンを押し続ければ､回転の途中でも止められます。 5.6【結合軸での回転】特定の結合の回りに特定の原子団を回転させるものです。まず､ [結合選択](けつごう選択の自由アハハ－ン｡｡｡｡｡^_^)を左クリックすると､ウィンドウ中心に"指マウスアイコン"が表示されるので､回転させたい結合軸の2つの原子を右クリックすることにより選択します。もちろん､選択する2つの原子間に結合がなければなりません。環を形成していてもいけません("環を形成しています" のメッセージが表示される)｡この時､最初に選んだ原子を固定して､後から選んだ方の原子団を回転させますので選び方を工夫してください。中止は､右クリックです。結合選択が終了すると､今度は､結合回転を左クリックします。すると､下にウィンドウか開きますので､上記と同様にして､回転角度及び回転回数を指定してください｡ただし､回転回数の最小値は 2 です。中止は､右クリックです。ウィンドウ内の[回転実行]の緑色ボタンを左クリックすると､回転が始まります。マウスの右ボタンを押し続ければ､回転の途中でも止められます。 5.7【結合軸での自由回転】特定の結合の回りに特定の原子団を回転させるものです。まず､上記と同様にして[結合選択]で回転させたい結合軸を選択し､ [結合回転]を左クリックします。下のウィンドウの[回転実行]ボタンの "回" にある黄色ボタンを左クリックし続けると､ウィンドウ右に黄色のカーソルが出ますので､回転させたい方角へマウスを移動していくと移動距離に合わせて分子が回転いたします｡カ－ソル内に表示されている緑色のボックスが回転の程度を示しています｡回転は -180 度～ 180 度の範囲です｡マウスを開放すると確定いたします｡また､中止したい場合は､マウスの左右のボタンを押してください｡最初の状態にもどります｡ 6.【分子の拡大､縮小】分子の拡大､縮小を行うためには､ [分子拡大]､ [分子縮小]ボタンを左クリックします。通常はそれぞれ 1.1 倍及び 0.909 倍になりますが､ボタンの端の方をクリックすると､一度に 1.61 倍及び 0.621 倍( 5 回分)になります。 7.【球面の拡大､縮小】原子の大きさを表す球面の拡大､縮小を行うためには､ [球面拡大]､ [球面縮小]ボタンを左クリックします。通常はそれぞれ 1.1 倍及び 0.909 倍になりますが､ボタンの端の方をクリックすると､一度に 1.61 倍及び 0.621 倍( 5 回分)になります。 8.【結合の太さの変更】結合の太さを変化させるためには､ [結合太 ]､ [結合細 ]ボタンを左クリックします。通常はそれぞれ +1 及び -1 になりますが､ボタンの端の方をクリックすると､一度に +5 及び -5 ( 5 回分)になります。 9.【中心位置の変更】軸回転などを特定の原子を中心に行いたい場合には､ [中心選択]ボタンを左クリックすると､ウィンドウの中心付近に"指マウスアイコン"が表示されるので､座標の中心に持ってきたい原子を左クリックする。中止は､右クリックです。 10.【自由移動】 [中心移動]ボタン内にあるの "中" の黄色いボタンを左クリックし続けると分子の自由移動が可能です｡マウスの動きにしたがって分子が移動いたします｡マウスを開放すると確定いたします｡また､中止したい場合は､マウスの左右のボタンを押してください｡最初の状態にもどります｡ 11.【y 軸の変更】複合回転等により分子が見にくくなった場合､ [y 軸選択]を利用すると､特定の 2つの原子が y 軸になるように､分子全体を移動することができる｡ウィンドウの中心付近に"指マウスアイコン"が表示されるので､ y 座標に持ってきたい 2 つの原子を左クリックする。最初に選んだ原子が上に､後から選んだ原子が下に来るように変換されるから､選択の順序に工夫が必要である。 12.【ウィンドウの移動】ウィンドウの移動は､ウィンドウ上部にあるタイトルバーを左ドラッグしたまま望みの位置まで持っていって下さい｡ 13.【ウィンドウの拡大､縮小】ウィンドウの拡大､縮小は､ウィンドウ右下にある"ウィンドウ変更アイコン" を左ドラッグしたまま望みの位置まで持っていって下さい｡ 14.【特殊表示】【原子半径で】【元の半径で】【網目表示】【空間充填(H)】【空間充填(L)】【透過充填】より選択する｡ 14.1【原子半径による表示】ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [原子半径で]を選択する。表示する分子の球面の大きさを原子半径で表示する。これは､空間充填モデル表示の大きさと同じであるので､画面からはみ出たりしないようにチェックするのに役立つ。また､空間充填モデル表示のだいたいの感じがつかめる。 14.2【元の原子半径に戻す】ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [元の球面で]を選択する。【原子半径による表示】を選択した後､元の原子球面に戻すために用いる。 14.3【16 色線画表示と TIF 形式でのデータ保存】線画表示の分子モデルを表示させ､さらに TIF 形式でグラフィックデータを保存するには､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [線画] を選択する。球を 16 色の編み目で表示しバックは白色である。表示終了後､ "矢印マウスアイコン"が表示されるので､ TIF 形式で保存したい範囲の左上を左ドラッグ(右クリックすると終了するので注意が必要)したまま､右下まで移動し､マウスを開放する(この時､開放せず左を押したまま右を押すとやり直しが効く)｡保存後､直ちに表示を終了する｡表示に時間がかかるので注意が必要である。まあ､後述の【CD 演奏機能】または【EUP ファイル演奏機能】を利用して､音楽でも聞きながらのんびりやって下さい｡ (注) 保存されるファイル名は､ LINEXX.TIF に固定されている。XX の所には、プログラム起動後の保存回数が入るので､ディスクの容量が許す範囲で何枚も保存できる｡ただし､エラーチェックは行っていないので､注意が必要(手抜き)。カレントディレクトリに保存されるので､後述のファイル選択ウィンドウを用いて保存したいディレクトリに移動してから､このメニューを選んで下さい｡ 14.4【512 x 480 32K 色モードの空間充填表示と TIF ファイル保存】陰影のついた､立体感溢れる 32K 色表示の分子モデルを表示するためには､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [空間充填(H)]を選択する。表示に時間がかかるので注意が必要である。フルスクリーン表示ができ､バックは黒色である。写真撮影にはこのモードがよい。表示終了後､ "矢印マウスアイコン"が表示されるので､ TIF 形式で保存したい範囲の左上を左ドラッグ(右クリックすると終了するので注意が必要)したまま､右下まで移動し､マウスを開放する(この時､開放せず左を押したまま右を押すとやり直しが効く)｡保存後､直ちに表示を終了する｡まあ､後述の【CD 演奏機能】または【EUP ファイル演奏機能】を利用して､音楽でも聞きながらのんびりやって下さい｡右クリックで表示が終了する。 (注) 保存されるファイル名は､ SPACEXX.TIF に固定されている。XX の所には、プログラム起動後の保存回数が入るので､ディスクの容量が許す範囲で何枚も保存できる｡ただし､エラーチェックは行っていないので､注意が必要(手抜き)。カレントディレクトリに保存されるので､後述のファイル選択ウィンドウを用いて保存したいディレクトリに移動してから､このメニューを選んで下さい｡ 14.5【320 x 240 32K 色モードの空間充填表示と TIF ファイル保存】陰影のついた､ボリューム感ある 32K 色表示の分子モデルを表示させ､さらに TIF 形式でグラフィックデータを保存するには､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [空間充填(L)]を選択する。表示に時間がかかるので注意が必要である。フルスクリーン表示でバックは白色である。表示終了後､大きな"矢印マウスアイコン"が表示されるので､ TIF 形式で保存したい範囲の左上を左ドラッグ(右クリックすると終了するので注意が必要)したまま､右下まで移動し､マウスを開放する(この時､開放せず左を押したまま右を押すとやり直しが効く)｡保存後､直ちに表示を終了する｡まあ､後述の【CD 演奏機能】または【EUP ファイル演奏機能】を利用して､音楽でも聞きながらのんびりやって下さい｡ (注) 保存されるファイル名は､ SPACEXX.TIF に固定されている。XX の所には、プログラム起動後の保存回数が入るので､ディスクの容量が許す範囲で何枚も保存できる｡ただし､エラーチェックは行っていないので､注意が必要(手抜き)。カレントディレクトリに保存されるので､後述のファイル選択ウィンドウを用いて保存したいディレクトリに移動してから､このメニューを選んで下さい｡ 15.6【512 x 480 32K 色モードの空間充填モデル及び透過骨格分子の表示と TIF ファイル保存】陰影のついた､立体感溢れる 32K 色表示の分子モデルを表示し、その上に分子の骨格を透過的に重ね合わせて表示するためには､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [透過充填]を選択する。表示に時間がかかるので注意が必要である。フルスクリーン表示ができ､バックは黒色である。写真撮影にはこのモードもよい。表示終了後､ "矢印マウスアイコン"が表示されるので､ TIF 形式で保存したい範囲の左上を左ドラッグ(右クリックすると終了するので注意が必要)したまま､右下まで移動し､マウスを開放する(この時､開放せず左を押したまま右を押すとやり直しが効く)｡保存後､直ちに表示を終了する｡まあ､後述の【CD 演奏機能】または【EUP ファイル演奏機能】を利用して､音楽でも聞きながらのんびりやって下さい｡右クリックで表示が終了する。 (注) 保存されるファイル名は､ SPACEXX.TIF に固定されている。XX の所には、プログラム起動後の保存回数が入るので､ディスクの容量が許す範囲で何枚も保存できる｡ただし､エラーチェックは行っていないので､注意が必要(手抜き)。カレントディレクトリに保存されるので､後述のファイル選択ウィンドウを用いて保存したいディレクトリに移動してから､このメニューを選んで下さい｡ 15.【バッファ操作】【マークする】【マーク呼出】【マーク開放】【スワップ】より選択する｡ 15.1【バッファに格納する】現在表示されている分子の座標を､一時的に記憶させておきたい時には､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [マークする]を選択する。これは､次の[マーク呼出]によって呼び出すことができる。マークは 1 つだけであるので､後からマークしたものだけが有効である。 15.2【バッファから呼び出す】マークにより一時的に記憶させておいた座標を呼び出す時には､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [マーク呼出]を選択する。 (注) マークを付けていないのにこれを呼び出すと､全てのデータが初期化されるので注意が必要である。初期化に使える。 15.3【バッファを開放する】マークにより一時的に記憶させておいた座標をクリアするときは､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [マーク開放]を選択する。 15.4【バッファの内容と交換する】バッファの内容を呼び出すとともに､しかも現在表示されている分子をバッファに格納するには､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [スワップ]を選択する。 16.【表題の変更】現在､ウィンドウに表示されている表題(デフォルトは BUTCH )の名前を変更したい時には､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [表題変更] を選択する。表題変更ウィンドウが開き､現在の表題が表示されているので､キーボードから新しい名前を入力する｡文字数は 58 文字までである。 (注) キーボードから受け付けるキーは ASCII コードの 32-126 までと､右矢印､左矢印､削除､バックスペース､キャリジリターン､実行キーだけである｡ 17.【データ保存】【CHEM TOWNS】【MM2 INPUT】【MOPAC AIN】より選択する｡ 17.1【CHEM TOWNS 形式でのデータ保存】現在の状態を､ CHEM TOWNS 形式でデータ保存したい時には､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [保存][CHEM TOWNS]を選択する。ファイル選択ウィンドウが開き､カレントディレクトリの中のディレクトリファイルが太文字で､拡張子が ".7" のファイルが細文字で表示されるので､保存したいドライブ､ディレクトリへ移動した後､一覧表示されている "XX XX.7" のファイルと同じ名前でよいのならそれを選ぶ｡すると下の枠にそのファイル名が表示されるので､実行ボタンをクリックする｡新しい名前で保存したい場合には､下に表示されている空白の枠をクリックすると現在の名前(デフォルトは BUTCH.7 )が表示されるので､キーボードで保存したい名前に訂正して､実行ボタンをクリックする｡取消ボタンをクリックすれば､保存を中止する｡ (注) キーボードから受け付けるキーは ASCII コードの 32-126 までと､右矢印､左矢印､削除､バックスペース､キャリジリターン､実行キーだけである｡ファイル名に使用できない文字も含まれているので注意が必要である｡表示は､ "XXXX.7" のファイルだけであるが､実際は "XXXX.70" のファイルも作成される｡すでに同じファイルが存在する時は､無条件に上書きするので注意が必要である｡ 17.2【MM2 INPUT形式でのデータ保存】現在の状態を､ MM2 で計算できる形式でデータ保存したい時には､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [保存][MM2 INPUT]を選択する。ファイル選択ウィンドウが開き､カレントディレクトリの中のディレクトリファイルが太文字で､拡張子が ".INP" のファイル名が細文字で表示されるので､保存したいドライブ､ディレクトリへ移動した後､一覧表示されているファイルと同じ名前でよいのならそれを選ぶ｡すると下の枠にそのファイル名が表示されるので､実行ボタンをクリックする｡新しい名前で保存したい場合には､下に表示されている空白の枠をクリックすると現在の名前(デフォルトは INPUT.INP)が表示されるので､キーボードで保存したい名前に訂正して､実行ボタンをクリックする｡取消ボタンをクリックすれば､保存を中止する｡ (注) 通常､ MM2 では､入力ファイル名は INPUT という名前に固定されているので､異なったファイル名で保存した時は､ MM2 実行前に名前を INPUT に付け替えるか､又は､ MM2 のバッチファイルを書き換えてください｡キーボードから受け付けるキーは ASCII コードの 32-126 までと､右矢印､左矢印､削除､バックスペース､キャリジリターン､実行キーだけである｡ファイル名に使用できない文字も含まれているので注意が必要である｡すでに同じファイルが存在する時は､無条件に上書きするので注意が必要である｡通常は､このまま MM2 の入力ファイルとして使えるが､特殊なパラメータは､エディタなどで加筆修正してください。 17.3【ＭＯＰＡＣ入力形式でのデータ保存】現在の状態を､ MOPAC で計算できる形式でデータ保存したい時には､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [保存][MOPAC AIN]を選択する。ファイル選択ウィンドウが開き､カレントディレクトリの中のディレクトリファイルが太文字で､拡張子が ".AIN" のファイル名が細文字で表示されるので､保存したいドライブ､ディレクトリへ移動した後､一覧表示されているファイルと同じ名前でよいのならそれを選ぶ｡すると下の枠にそのファイル名が表示されるので､実行ボタンをクリックする｡新しい名前で保存したい場合には､下に表示されている空白の枠をクリックすると現在の名前(デフォルトは BUTCH.AIN)が表示されるので､キーボードで保存したい名前に訂正して､実行ボタンをクリックする｡取消ボタンをクリックすれば､保存を中止する｡ MOPAC 用ファイルに書き込むキーワードは､ env.dat ファイルの最後に書かれているキーワードを使うので､各自で訂正しておいてください｡また､キーワード "XYZ" が指定してあると､自動的にＺ行列ではなくＸＹＺ座標で出力いたします｡ (注) キーボードから受け付けるキーは ASCII コードの 32-126 までと､右矢印､左矢印､削除､バックスペース､キャリジリターン､実行キーだけである｡ファイル名に使用できない文字も含まれているので注意が必要である｡すでに同じファイルが存在する時は､無条件に上書きするので注意が必要である｡通常は､このまま MOPAC の入力ファイルとして使えるが､特殊なパラメータは､エディタなどで加筆修正してください。 MOPAC 形式のＺ行列を拡張ヒュケル法や､ CNDO, MINDO, MNDO 法等の形式に書き換えるのはそんなに困難ではないと思いますが､不慣れな方は「ＣＨＥＭ　ＭＯＤＥＬ」を使用すれば､簡単にできます｡ 18.【データの読み込み】【CHEM TOWNS】【MM2 INPUT】より選択する｡ 18.1【CHEM TOWNS形式(*.7､ *.70)のデータ読み込み】既に､保存してある CHEM TOWNS 形式のデータを読み込みたい時は､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [読込][CHEM TOWNS]を選択する。ファイル選択ウィンドウが開き､カレントディレクトリの中のディレクトリファイルが太文字で､拡張子が ".7" のファイルが細文字で表示されるので､呼び出したいファイルのあるドライブ､ディレクトリに移動して､目的ファイルを選択すると下の枠にそのファイル名が表示されるので､実行ボタンをクリックする｡取消ボタンをクリックすれば､読み込みを中止する｡ 18.2【MM2 INPUT形式(*.INP)のデータ読み込み】既に､保存してある MM2 INPUT 形式のデータを読み込みたい時は､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [読込][MM2 INPUT]を選択する。ファイル選択ウィンドウが開き､カレントディレクトリの中のディレクトリファイルが太文字で､拡張子が ".INP" のファイルが細文字で表示されるので､呼び出したいファイルのあるドライブ､ディレクトリに移動して､目的ファイルを選択すると下の枠にそのファイル名が表示されるので､実行ボタンをクリックする｡取消ボタンをクリックすれば､読み込みを中止する｡ 19.【分子情報の表示】【原子情報】【原子間距離】【結合角】【２面角】より選択する｡ 19.1【原子情報を表示】ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [原子情報]を選択する。 "指マウスアイコン"が表示されるので､知りたい原子を左クリックにより選択すると､マウスアイコンのあたりに原子の種類､原子の通し番号､及びx 座標､ y 座標､ z 座標がオングストロームで表示される｡マウスが枠からはみ出すと表示が消えて､ "指マウスアイコン"になり､続けて違う原子を指定できる｡中止は､右クリックです。 19.2【原子間距離を求める】ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [原子間距離]を選択する。 "指マウスアイコン"が表示されるので､知りたい 2 つの原子を左クリックにより選択すると､マウスアイコンのあたりに原子間距離がオングストロームで表示される｡マウスが枠からはみ出すと表示が消えて､ "指マウスアイコン"になるので続けて違う原子間距離を指定できる｡中止は､右クリックです。 19.3【結合角を求める】ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [結合角]を選択する。 "指マウスアイコン"が表示されるので､知りたい結合角を形成する 3 つの原子を左クリックにより選択する｡画面右上にサブウィンドウが開いて､選択した原子を表示する｡選び終わると､サブウィンドウに結合角が表示される｡結合のない原子も選択できるので 3 つの原子で挟まれた角度もわかる｡マウスの右ボタンを押すと終了する｡中止は､右クリックです。 19.4【２面角を求める】ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [２面角]を選択する。 "指マウスアイコン"が表示されるので､知りたい２面角を形成する 4 つの原子を左クリックにより選択する｡画面右上にサブウィンドウが開いて､選択した原子を表示する｡選び終わると､サブウィンドウに２面角が表示される｡結合のない原子も選択できるので 4 つの原子でで形成される 2 面角がわかる｡マウスの右ボタンを押すと終了する｡中止は､右クリックです。 20.【分子力学計算を利用した構造最適化】【3､ 4 員環無】【3､ 4 員環有】より選択する｡分子力学計算法をある程度利用した表示分子の構造最適化を行うには､ウィンドウ左上のユーティリティアイコンから､ [最適化]を選択する。3 員環､または 4 員環を含む分子の場合は､ [3､ 4 員環有]を選ぶ｡その他は､ [3､ 4 員環無]を選べばよい｡内蔵のパラメーターにない分子の場合は､ "パラメーターが足りません" と表示されます｡この場合､残念ながら CHEM TOWNS では､最適化できませんので､ MM2 等の他の最適化プログラムを利用するか､他の原子で置き換えて計算させて下さい｡各回の計算毎に分子を表示いたしますので､構造最適化の過程が目で見えます｡但し､少し大きな分子になると､ 1 回の計算に時間がかかります｡途中で止めたい時は､マウスの右ボタンを押し続けてください｡大きな分子の場合には､最初に核となる部分を最適化しておいてから､枝葉の部分を付けて最適化を繰り返す方が､計算回数が少なくて済みます｡最適化は､適当な時点で止めています(あくまでデモ程度とお考えください)｡更に最適化したい方､並びにエネルギー等の情報まで必要な方は､別途 MM2 等を入手して計算し直して下さい｡その場合にも､ある程度までの最適化は済んでいますので､計算時間は短くて済みます｡まあ､後述の【CD 演奏機能】または【EUP ファイル演奏機能】を利用して､音楽でも聞きながらのんびりやって下さい｡ (注) 数値演算プロセッサー(FPU)のない TOWNS では､ 1 回の最適化に相当の時間がかかります｡最適化は､最初は大きく構造が変化いたしますが､段々構造があまり変化しなくなりますので､ FPU のない人は適当な時点で最適化を中止した方が精神衛生上よろしいかと思います｡ 21.【CD 演奏機能】プログラム名 "CHEM TOWNS" の表示をクリックすると､ CD 演奏ウィンドウがでる｡左から一時停止, 前の曲, 演奏, 次の曲, 停止, 設定終了のアイコンになっているので､望みのボタンをクリックする｡演奏中に設定終了ボタンをクリックすると､曲を聞きながら CHEM TOWNS を使用することができる｡回転が安定してから､演奏アイコンをクリックしてください｡ << High C 版のみ >> (CHEMT387.EXP をご使用の方のみ) 22.【EUP ファイル演奏機能】バージョン "Ver X.XXZ" の表示をクリックすると､ EUP ファイル選択ウィンドウが開き､カレントディレクトリの中のディレクトリファイルが太文字で､拡張子が ".EUP" のファイルが細文字で表示されるので､呼び出したいファイルのあるドライブ､ディレクトリに移動して､目的ファイルを選択すると下の枠にそのファイル名が表示されるので､実行ボタンをクリックする｡取消ボタンをクリックすれば､読み込みを中止する｡ 23.【終了】 CHEM TOWNS を終了したい時は､【終了】ボタンをクリックする｡ CD または EUP を演奏中の時は､演奏を停止してから終了する｡